В центральном зале станции на расстоянии 6,5 метра друг от друга установлены 52 прямоугольные железобетонные опоры – по 26 в каждом из двух рядов колоннады. Потолок из стандартных железобетонных перекрытий поделён на углубления - квадратные ячейки под светильники. Каждая ячея покрыта листами алюминия, обработанного под золотистый цвет. Это – единственное оригинальное решение в художественно-декоративном оформлении подземной станции, стены которой покрыты мраморными плитами белого цвета и украшены небольшими вертикальными металлическими панно с изображениями фруктов, цветов, других природных сюжетов. Пол гранитный из камня светлых тонов.
Южный наземный вестибюль станции метро «Ботанический сад» построен в виде приземистой, просторной ротонды на пустыре у Главного ботанического сада Российской академии наук. В этот вестибюль из подземного зала ведёт эскалатор. В северном наземном вестибюле нет эскалаторов, вход и выход здесь осуществляется по лестнице. Недалеко от этого вестибюля в сторону проспекта Мира находится железнодорожная платформа «Ростокино» Окружной железной дороги.
У расположенных рядом со станцией метро «Ботанический сад» двух остановках наземного общественного транспорта останавливаются автобусы 10 маршрутов и маршрутное такси семи направлений.
Выход из метро "Ботанический сад" происходит на улицы Вильгельма Пика, Докукина и проезд Серебрякова. На данных улицах можно снять в аренду офис в административных зданиях. Также рядом с метро находятся два современных бизнес-центр "Ультамарин" и "Серебрякова" в которых предлагаются офисные помещения в аренду. В этих бизнес-центрах предоставлены качественные офисы с современным техническим оснащением, которые идеально подходит для ведения бизнеса.